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私立医学部の平均的な6年間総額納入金は約3,200万円。近年では優秀な学生を確保するため学費を値下げする医学部が相次いでおり、昭和大学医学部は特待生合格者になると約1,900万円、順天堂大学医学部はすべての合格者の学費を2,080万円とし、慶應義塾大学医学部より安くなった。(以下は寮費、父母会費、同窓会費など諸経費を全て含んだ額)
| 順位 | 大学名 | 学費 |
| 1 | 自治医科大学 | 0円 (卒後の指定勤務義務を拒否する場合、最大2,260万円) |
| 2 | 産業医科大学 | 1,130万円 (卒後の指定機関勤務を拒否する場合、最大3,049万円) |
| 3 | 順天堂大学医学部 | 2,113万円(特待生1,990万円) |
| 4 | 慶應義塾大学医学部 | 2,157万円 |
| 5 | 東京慈恵会医科大学 | 2,286万円 |
| 6 | 昭和大学医学部 | 2,309万円(特待生2009万円) |
| 7 | 東邦大学医学部 | 2,629万円 |
| 8 | 日本医科大学 | 2,799万円(上位60名2,523万円) |
| 9 | 関西医科大学 | 2,814万円 |
| 10 | 東京医科大学 | 2,977万円(上位一般35名+セ15名2,477万円) |
| 11 | 大阪医科大学 | 3,207万円 |
| 12 | 日本大学医学部 | 3,337万円 |
| 13 | 東京女子医科大学 | 3,341万円(上位10名2,611万円) |
| 14 | 東北医科薬科大学 (東北地方新設医学部構想) | 3,400万円(45〜50名) 【修学資金制度利用の場合】 〈A方式 30〜35名〉： 400万円 〈B方式 20名〉： 〜約800万円 |
| 15 | 岩手医科大学 | 3,440万円(地域枠350万) |
| 16 | 聖マリアンナ医科大学 | 3,473万円 |
| 17 | 東海大学医学部 | 3,500万円(2015年度入学者より)←3,754万円 |
| 18 | 近畿大学医学部 | 3,584万円 |
| 19 | 久留米大学医学部 | 3,637万円(2015年度入学者より)←3,267万円 |
| 20 | 獨協医科大学 | 3,730万円 |
| 21 | 帝京大学医学部 | 3,750万円(2014年度入学者より) |
| 22 | 杏林大学医学部 | 3,755万円 |
| 23 | 兵庫医科大学 | 3,760万円 |
| 24 | 福岡大学医学部 | 3,776万円 |
| 25 | 愛知医科大学 | 3,800万円(一般上位30名3,300万円、地域枠1,790万円) |
| 26 | 藤田保健衛生大学 | 3,873万円 |
| 27 | 埼玉医科大学 | 3,917万円 |
| 28 | 北里大学医学部 | 3,952万円(特待第一種〜四種) |
| 29 | 金沢医科大学 | 4,054万円 |
| 30 | 川崎医科大学 | 4,716万円(寮費を含む） |
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